La ciudad fue fundada en marzo de 1624, por José de Larrazábal y bautizada inicialmente con el nombre de San Antonio de Caráquez. Desde 1840 hasta 1864 fue recinto de la actual parroquia Charapotó, y poco tiempo después fue elevada a la categoría de parroquia. El 3 de noviembre de 1875 adquirió la cantonización como Sucre, en homenaje al General Antonio José de Sucre.
El gobierno de Sixto Durán Ballen dio un gran apoyo al cantón, construyó vías de acceso, e inclusive un hotel. El terremoto de agosto de 1998 destruyó parcialmente la ciudad, la que aun no termina de reconstruirse.
Los Caras llegaron en grandes balsas
Lo que hoy es Bahía de Caráquez fue asentamiento de la tribu Caras. Los indígenas, posiblemente, llegaron de centroamérica, navegando en grandes balsas entre los años 700 y 800 después de Cristo. El jefe era Carán, llamado el Shyri o señor.
Al desembarcar en la bahía fundaron la ciudad de Cara. Extendieron primero su dominio en el litoral. No satisfechos del clima, o amantes de la vida nómada, subieron por el río Esmeraldas en sus balsas, y después de unos 200 años de peregrinación, comenzaron la conquista de Quito.
Al parecer fue fácil dicha conquista, con ella entró el estado quitense, en superiores condiciones de civilización.
Los Shyris erigieron templos al sol y la luna, que revelan sus conocimientos de astronomía.
Pedro de Alvarado destruyó la ciudad
Por una carta que escribió Fray Tomás de Berlanga a sus Majestades, los Reyes de España, se establece que en 1535 la ciudad de Los Caras fue destruída por Pedro de Alvarado y su gente.
En esa carta, enviada a su Majestad, Fray Tomás de Berlanga dice: "Entramos en la bahía y río de los Caráquez, viernes en 9 de abril, y encontramos allí la gente de un galeón de Nicaragua y tuvimos por bueno nuestro viaje en comparación del suyo. Esta Bahía de los Caráquez, está en medio grado de la banda del sur y en las cartas está en tres grados. Desde Bahía, hasta Puerto Viejo hay 9 leguas por las costas del mar.

Esta dicha Bahía es uno de los lindos puertos que puede ser en el mundo, que pueden llegar los navíos a barloar en la tierra y pueden subir los navíos tres o cuatro leguas y no saben si más. En esta entró el adelantado don Pedro de Alvarado y destruyó un pueblo que allí estaba de indios y alborotó otros y por donde el fue con su gente es lástima ver el destrozo".


Pasos de la cantonización
El 21 de octubre de 1867 el Congreso Nacional creó el cantón Sucre, con las parroquias: Bahía de Caráquez, Canoa, Pedernales y Mompiche, pero la resolución legislativa fue anulada en marzo de 1869.
Pero esto no fue motivo para que la gente de Bahía de Caráquez se durmiera. Las gestiones continuaron y es el 3 de noviembre de 1875, en una de las sesiones del Senado y la Cámara de Diputados, que se acuerda crear definitivamente el quinto cantón de Manabí.
Para los efectos correspondientes, el concejo municipal del cantón Rocafuerte verificó los nombramientos de las nuevas autoridades.

El telégrafo
El comercio de Bahía de Caráquez, en su afán de contar con un mejor servicio de telecomunicación, integró una comisión para conseguir la instalación del primer inalámbrico (telégrafo). Al momento que se integró el comité se recaudaron 1.280 sucres, con esa cantidad se adquirieron los componentes del servicio. Pero fue en 1925 que se instaló el servicio en los terrenos del Colegio Eloy Alfaro.

Acontecimientos importantes
El primer avión que surcó el cielo del cantón fue el Macchi, obsequiado al gobierno por la colonia china. Esta nave cubría la ruta Guayaquil-Esmeraldasy lo tripulaban el comandante Edmundo Campagnolli, capitán Etoro Lodi y el mecánico Bruno Ceccovilli.
El Macchi, al pasar sobre Bahía arrojó una hoja volante que decía: "A las autoridades y población de Bahía: los aviadores italianos sienten mucho no poder aguarizar en Bahía. Mandan desde el cielo de esta ciudaad sus más ardientes saludos.- Cielo de Bahía, 11 de septiembre de 1922".

Ferrocarril Bahía-Chone
Los trabajos del ferrocarril de Bahía de Caráquez-Chone se iniciaron el 20 de julio de 1909, a cargo de la Compagnine Francaise de Chemine de Fer de II Ecuateur. Hasta junio de 1911 los trabajos habían avanzado hasta el kilómetro 55 (Calceta). El trayecto de Canuto a Chone se inauguró el 27 de octubre de 1912.
El valle más importante es el de Charapotó, regado por el río Portoviejo.
Las montañas no llegan a los 500 metros de altura.

Enlace a Bahía de Caráquez, provincia de Manabí. Bahía de Caráquez cuenta con un gran atractivo turístico y frente a ella está San Vicente, lugar fascinante al que se puede llegar cruzando en lancha, gabarra, o por vía terrestre, y cuenta con el aeropuerto Los Perales.
De norte a sur existen amplias playas, pequeñas islas e islotes, lugares que son preferidos por los turistas.